Az iskolát 1920-ban, a trianoni békeszerződés évében alapították. Az 1920-as évek leánygimnáziuma a szentimrevárosi keresztény lakosság körében oly közkedveltté vált, hogy szükségesnek tartották egy új iskola megépítését. A jelenlegi, műemlék épület 1932–33-ban, a gazdasági válság éveiben készült el holland banki kölcsönökből. Az impozáns neobarokk palotát a kor híres építésze, Fábián Gáspár tervezte 1930-ban. 1947-ben államosították, ekkor kapta a Kaffka Margit nevet. 1996-ban a rendszerváltást követően került újra az egyház kezébe, és visszavette eredeti Szent Margit Gimnázium nevet.